Des traces du Néolithique ont été retrouvées sur un site archéologique à Episkopi. Cependant il est établi que l’île ne fut pas régulièrement peuplée durant l’antiquité. Hydra autrefois était riche en eau, comme son nom l’indique en Grec, "Hydrea". Mais à partir d’un certain moment et pour des raisons inconnues, les sources se tarirent, l’île connut la sécheresse et ses habitants durent trouver d’autres moyens de subsistance que l’agriculture.

Ils se tournèrent alors vers la marine puisque l’île se trouvait sur l’une des routes maritimes les plus fréquentées de la Méditerranée.

Vers la fin du 18ème siècle, les activités de la Marine Marchande d’Hydra étaient devenues florissantes. L’île était qualifiée de "petite Angleterre", eu égard à sa flotte marchande et à l’habileté de ses capitaines.

A cette époque Hydra pouvait compter sur 130 bateaux de guerre d’un tonnage de 30 000 tonnes chacun. Toute la richesse d’Hydra lui vint du rôle stratégique qu’elle joua en termes d’approvisionnement dans la guerre qui opposa la France à l’Angleterre au temps du blocus Napoléonien.

A cette époque furent édifiées les splendides maisons de capitaine des Miaoulis, Tombazis, Oikonomou. La richesse et le pouvoir accumulés furent le point de départ de la guerre d’indépendance qui conduisit à la fondation de l’état grec moderne en 1830.

Après la seconde guerre mondiale, dès la fin des années 50 et pendant les années 60, Hydra est redécouverte par de nombreux artistes, peintres tels que Nicolas Chatzikyriakos-Ghikas, originaire d’Hydra, poètes tels que George Séféris, lauréat du prix Nobel de littérature en 1963, écrivains comme Henry Miller dont certaines scènes du livre "Le Colosse de Maroussi" se passent à Hydra.

Le cinéma aussi avec des films tels que "La fille en noir" de Michel Cacoyannis avec Sofia Loren, "l’Enfant et le Dauphin" et surtout "Phèdre" de Jules Dassin avec Mélina Mercouri et Antony Quinn, propulse l’île sur la scène internationale de la villégiature Jet-Set, au même niveau que Saint-Tropez et Mykonos.

Depuis, Hydra a continué d’inspirer de nombreux artistes qui ont choisi de vivre sur l’île, sans compter tous ceux qui sont tout simplement tombés amoureux de sa beauté sauvage et dont le nombre grossit chaque année.