Υπάρχουν ίχνη νεολιθικής περιόδου στην περιοχή Επισκοπή. Φαίνεται πάντως ότι το νησί δεν κατοικήθηκε τακτικά κατά την εποχή της κλασικής αρχαιότητας.

Η Ύδρα λέγεται ότι ήταν κάποτε πλούσια σε νερά και από εκεί πήρε το όνομά της όμως εξαιτίας κάποιου αγνώστου γεγονότος το νερό εξαφανίστηκε και έτσι οι κάτοικοι αναζήτησαν άλλους τρόπους επιβίωσης από το να καλλιεργούν τη γή, όπως τα θαλάσσια ταξίδια και το εμπόριο.

Έγιναν αξιόλογοι ναυτικοί και "όργωσαν" κυριολεκτικά τη Μεσόγειο αποκομίζοντας πλούτη και φήμη τόση ώστε η Ύδρα να αποκαλείται τον 18ο αιώνα Μικρή Αγγλία! Κατά την επανάσταση του 1821 τα εμπορικά Υδραίικα τρεχαντήρια εξοπλίστηκαν με κανόνια και μετατράπηκαν σε αξιόμαχο πολεμικό στόλο που απαριθμούσε 130 πλοία 30.000 τόνων το καθένα.

Ο πλούτος της Ύδρας οφείλεται στα οφέλη που αποκόμισαν οι Υδραίοι όντας τα μόνα πλοία που κατόρθωναν να διασπούν τον κλοιό του ναυάρχου Νεύτωνα και να προμηθεύουν τις στρατιές του Ναπολέοντα με σιτηρά και τρόφιμα.

Η συμβολή της Ύδρας και των Υδραίων ναυτικών στην επιτυχία της επανάστασης και την δημιουργία του νέου Ελληνικού Κράτους το 1829 υπήρξε καταλυτική. Μετά τον 2ο Παγκόσμιο Πόλεμο και κυρίως προς το τέλος της δεκαετίας του 50 και του 60 η Ύδρα «ανακαλύφθηκε» ξανά από διάσημους καλλιτέχνες και ζωγράφους. Ο Νίκος Χατζηκυριάκος-Γκίκας ήταν Υδραίος και συγγραφείς έγραψαν για το μαγικό νησί, όπως ο Χενρυ Μίλερ έγραψε για την Ύδρα στο έργο του "Ο Κολοσσός του Μαρουσιού".

Ο Μιχάλης Κακογιάννης γύρισε εδώ το έργο "Η Γυναίκα με τα Μαύρα" το 1960. Εδώ γυρίστηκε Το «Παιδί και το Δελφίνι" με την Σοφία Λόρεν και "η Φαίδρα" Του Ζυλ Ντασέν με την Μελίνα Μερκούρη. Διάσημες παρουσίες όπως αυτή του Αντονυ Κουίν και τόσων άλλων απογείωσαν το νησί σε διεθνή προορισμό όπως το Σεν Τροπέ και αργότερα η Μύκονος.

Από τότε μέχρι σήμερα η Υδρα έχει εμπνεύσει πολλούς ηθοποιούς, ζωγράφους και καλλιτέχνες που ερωτεύτηκαν την αγνή και φυσική ομορφιά του τόπου.